В окрестностях Алхан-Калы располагается древнее Аланское поселение, Алхан-Калинское городище которое датируется II—V века до н. э.. По мнению некоторых исследователей этот древний город мог быть столицей Аланского государства — Магасом (Ма’асом), описанным арабским историком Аль-Масуди
На северной окраине Алхан-Калы недалеко от курганов «Три брата» располагалось военное укрепление Злобный окоп.
Станица Алхан-Юртовская заложена 1 мая 1851 году.
В 1860 году в ней построена Михайло-Архангельская церковь. В 1914 году в станице располагались три старообрядческие церкви, старообрядческий мужской Успенский монастырь, двухклассное училище, церковно-приходская женская школа. При станице располагались хутора: Васильева, Кузнецова, Старо-Баскаков и Ново-Баскаков.